El año 1942 Magallanes comenzó la temporada con un partido amistoso frente a Estudiantes de la Plata y solicitó un refuerzo a Universidad Católica. Este refuerzo fue nada más y nada menos que don Sergio Livingstone, quien defendió el arco de la Academia por un partido. El resultado final fue el triunfo de Magallanes por 2 a 1.
En 1966 se incorporó a Club Magallanes el goleador Luis Hernán Álvarez, el cual se destacó por su entrega y espíritu, convirtiéndose en el goleador del equipo en el torneo del 66 con 13 goles.
Un 9 de noviembre de 1980, en el estadio Vulco ante 5.500 personas, Magallanes recibió al puntero de ese campeonato por entonces, Universidad de Chile.
La “U” comenzó abriendo el marcador en el primer tiempo con un gol de Mondaca. Pero en el segundo tiempo, José “Gato” Bernal le dio la vuelta al resultado con goles a los 11’ y 36’ minutos. Ese fue el primer año del regreso de La Academia a Primera División y el DT de aquel entonces, Eugenio Jara, comenzó a gestar lo que sería el futuro equipo de “Los Comandos”.
La alineación de Magallanes ese día fue:
En el arco Cornez, en defensa Spicto, Gasparini, Viveros y Valenzuela.
Mediocampo: Bastías, Pereira y Suazo.
Delanteros: “Pililo” Hernández, “Gato” Bernal y Carvajal.
Tras permanecer cuatro temporadas en Segunda División, Magallanes regresaría tras conquistar el subcampeonato en 1979. Esa generación traería frutos en 1983, cuando el conjunto dirigido por Eugenio Jara terminó en el cuarto lugar y ganó la liguilla tras vencer por 3-1 a Universidad Católica, logrando una histórica clasificación a la Copa Libertadores.
Ese equipo fue bautizado como “Los Comandos” y en sus filas destacaron jugadores de la talla de Emiliano Astorga, Eduardo Calquin, Fernando Medina, Arturo Jáuregui, Adolfo Nef, Luis Marcoleta, Sergio Nichiporuk, Eduardo Vilches, Luis Pérez, Jaime Vildosola y un joven Ivo Basay.
En el torneo internacional, “Los Comandos” obtuvieron victorias contra Bellavista de Uruguay, venciendo por 2-1 en Santiago y por 1-0 en Montevideo. Mientras que empató con Peñarol 1-1 en Santiago. Sufrió derrotas por 1-0 ante los “carboneros” en Uruguay y cayó por 0-2 y 1-3 ante Colo Colo, quedando eliminado en primera fase.
Club Magallanes estuvo cerca de lograr una nueva participación internacional cuando en 2011 perdió la final de la Copa Chile en lanzamientos penales ante Universidad Católica (2-4), en un equipo en donde destacaron Claudio Latorre, Paulo Cárdenas y Héctor Barra.
La final de la Copa Chile 2011 se jugó en dos partidos, ida y vuelta, que se disputaron los días 9 y 16 de noviembre de 2011 para definir al campeón del año de dicho torneo. Tras una igualdad 1-1 en el marcador global, debido a que ambos equipos se impusieron 1-0 como visitantes en San Carlos de Apoquindo y Santa Laura-Universidad SEK, el ganador del torneo fue Universidad Católica, que finalmente venció 4-2 mediante lanzamientos penales en el encuentro de vuelta.
El once inicial de ese día fue: Héctor Barra, Gonzalo Abascal, Juan Cornejo, Felipe Hernández, Isaías Meneses, Paulo Cárdenas, Carlos Cisternas, Esteban Bravo, Patricio Marcelo Salas, Felipe Reynero y Claudio Latorre. Dirigidos por el DT, Osvaldo ‘Arica’ Hurtado.